Il sistema WCS è responsabile della programmazione tra il sistema e le apparecchiature e invia i comandi emessi dal sistema WMS a ciascuna apparecchiatura per un funzionamento coordinato. La comunicazione tra l'apparecchiatura e il sistema WCS è continua. Quando l'apparecchiatura completa l'attività, il sistema WCS esegue automaticamente la registrazione dei dati con il sistema WMS.